在利用微生物絮凝剂对给水或污、废水的处理过程中，倘若对微生物絮凝剂的净水机理缺乏正确的认识，则往往会造成许多不必要的损失，例如利用微生物絮凝剂处理相同电荷的污水，不仅会带来絮凝剂的过度浪费，还不能取得较为理想的处理效果;再如忽略了微生物絮凝剂的投加量，造成絮凝剂的过量投加或投加不足，往往也不能取得较好地处理效果。

限于条件及技术的限制，到目前为止，人们对微生物絮凝剂的絮凝机理尚缺少一个较为清楚的解释。现今人们对微生物絮凝剂的作用机理存在着多种假说，包括：以生枝动胶菌可积累聚羟基丁酸为依据的PHB聚合学说;以胞外纤维丝可聚合形成絮凝物为基础的菌外纤丝纤维素学说，此外还有But-terfield提出的粘质假说、Strantford提出的病毒假说以及吸附架桥学说和电性中和学说等。